Quando nella seconda metà dell’ottocento non c’era ancora Via XX Settembre per la cui costruzione, a fine secolo, vennero demolite alcune cappelle della chiesa di S. Stefano.
Quando per l’allargamento ed il raddrizzamento della sede stradale fu sacrificata l’ala della chiesa prospiciente via XX Settembre che già era più piccola di quella opposta.
Quando sotto l’appassionata direzione dell’architetto Alfredo D’Andrade vennero rocostruiti sia la balconata antistante che il sottostante porticato.
Quando i lavori per lo smantellamento della Porta degli Archi avevano danneggiato le fondamenta della chiesa che di lì a poco sarebbe stata divenuta pericolante. Nonostante il tentativo di restaurarla da parte del celebre portoghese e fu di conseguenza dichiarata inagibile.
Quando si stabilì di lasciarla comunque al sul posto e di edificarle a fianco una nuova chiesa costruita anch’essa in stile romanico.
Quando inaugurata nel 1908 ebbe vita breve perché nel 1912 il crollo di una parte della vecchia chiesa danneggiò la nuova, rendendo anch’essa inagibile.
Quando, a completare l’opera, distruggendole entrambe, si adoperarono poi le bombe della seconda guerra mondiale.
Fu il Cardinale Siri nel dopoguerra a volere la ricostruzione della primitiva chiesa romanica i cui lavori, iniziati nel 1946 si conclusero con la consacrazione avvenuta l’11 dicembre 1955.